O Seminário de Aveiro possui dois claustros.
Segundo a tradição monástica, este espaço assinala a separação do mundo, mas também a espiritualidade do recolhimento, do silêncio, do convívio entre irmãos, do trabalho manual, do estudo, da leitura e da oração.
Claustro Principal
Este Claustro localiza-se no centro do Seminário e todo o Seminário o envolve. É como que um oásis no centro da vida do Seminário, no meio dos estudos, do trabalho, do convívio e da oração.
No centro do Claustro está a fonte cruciforme, símbolo de Cristo, a fonte da vida, centro essencial de toda a vida cristã e da vida do Seminário, simbolizado nos braços que, desde esse centro e cercados pela criação, alcançam os quatro lados da casa.
Claustro dos Apóstolos
Diretamente à frente de quem chega ao Seminário, entre a Igreja do Espírito Santo, o Auditório e a Portaria, encontramos o Claustro dos Apóstolos.
Este espaço, como ligação entre a Igreja e a casa, foi em tempos o espaço aberto a todos, o lugar do convívio entre os residentes e as visitas.
Este claustro, hoje, é lugar de convívio, de encontro, de oração, um espaço para continuar o espírito comunitário nascido da Eucaristia celebrada na Igreja e do trabalho em conjunto realizado no Auditório, quer pela comunidade do Seminário, quer por outros grupos.
Este Claustro carrega consigo memória de tempos vividos, de tantos jovens chamados a esta casa, uns que seguiram pelo serviço ao Senhor pelo Sacerdócio, outros por outros caminhos. Neste Claustro estão marcados os passos invisíveis e incontáveis de tantos que aqui procuraram a vontade do Senhor.
O nome deste espaço surge do projeto inicial de, sobre as quatro paredes do Claustro, estarem representados os doze Apóstolos. Este projeto nunca foi finalizado, mas ainda é possivel ver as doze mísulas de pedra, sobre as quais seriam colocadas as imagens.
No centro, a fonte simboliza a continuidade da vida, ligando experiências como um fio invisível que perpetua a essência deste lugar. É a água que corre do templo para que a todos chegue, como o sangue que emana do coração para todo o corpo.
A pedra com as armas-de-fé do 1.º Bispo de Aveiro após a restauração da Diocese, D. João Evangelista, fundador deste Seminário, enobrece todo o edifício, ligando-o ao passado da Igreja e projetando nele a modernidade necessária.
A rosácea em tijolo dá luz e beleza ao espaço e é incontornável de ligações poéticas aos vitrais do gótico.
A Barca da Igreja, construída nos 75 anos da Diocese de Aveiro, constituída por pequenas tábuas que simbolizam cada uma das 101 paróquias da Diocese, representam a entrega da Diocese à oração e ao empenho do Seminário. É pelo Povo de Deus que vive em cada uma daquelas paróquias, que os seminaristas procuram a vontade de Deus e, se for essa a Sua vontade, é aquelas paróquias que servirão enquanto pastores.