Uma instituição essencial numa Diocese é o Seminário.
Ao ser criada a Diocese de Aveiro em 1774, o Bispo D. António Gameiro de Sousa criou o primeiro Seminário Diocesano junto à Capela de Nossa Senhora da Penha de França, na Vista Alegre, em Ílhavo.
Em 1803, por decisão do Bispo D. António José Cordeiro, o Seminário foi transferido para a freguesia de Requeixo, restando hoje apenas ruínas.
Em 1805, o Seminário foi transferido para o Paço Episcopal, na Rua dos Tavares, junto à Porta da Ribeira, na cidade de Aveiro. Tendo o Paço ardido em 1864, o Seminário foi transferido para os anexos da Sé, localizada, na altura, no recolhimento de S. Bernardino. Aqui se manteve até à supressão da Diocese em 1882.
Em 1938, a Diocese de Aveiro foi restaurada pelo Papa Pio XI e foi nomeado o seu primeiro Bispo, D. João Evangelista de Lima Vidal que, desde o início, promoveu a causa do Seminário, escrevendo cartas pastorais, fazendo recolhas de fundos, escrevendo crónicas semanais no Correio do Vouga, com o propósito de fazer do Seminário algo de todos os diocesanos.
Desde 1939, o Seminário passou a funcionar na Casa da Família Almeida Azevedo, na Rua Artur Ravara, em frente ao jardim Infante Dom Pedro, demolida em janeiro de 1991.
A 23 de maio de 1942 é benzida e lançada a primeira pedra do novo Seminário Diocesano num terreno no Chão das Venâncias, junto da Capela de Nossa Senhora da Ajuda, adquirido em 1939 e relativamente longe do bulício da cidade.
Finalmente, a 14 de novembro de 1951, foi inaugurado, por D. João Evangelista, o atual Seminário de Santa Joana Princesa de Aveiro, tendo as obras decorrido até 1953.
Em 1959, efetuou-se a compra de um terreno anexo ao Seminário constituindo-se, assim, a configuração geográfica atual.
Em 1960, sendo Bispo de Aveiro, D. Domingos da Apresentação Fernandes, foi inaugurado o novo Seminário Menor de Nossa Senhora da Apresentação, em Calvão, Vagos, que, desde 1985, serve de Colégio Diocesano.
Em 1987, por D. Manuel de Almeida Trindade, é iniciado Pré-Seminário e é constituido canonicamente o Centro Universitário de Fé e Cultura (CUFC), que, em 1990, passa para um novo edifício então construido no terreno circundante ao Seminário.
Em 1989 foi criado, pelo Bispo D. António Marcelino, o Instituto Superior de Ciências Religiosas de Aveiro (ISCRA).
Em 1991 são publicados os estatutos da Associação dos Antigos Alunos do Seminário de Aveiro (ADASA).
Em 2013, também em terreno anexo ao Seminário, é inaugurada a Casa Sacerdotal de Aveiro, pelo Bispo D. António Francisco dos Santos.
Em 2017, pelo Bispo D. António Moiteiro, foi inaugurada a renovada biblioteca do Seminário, assumindo o nome de Biblioteca D. António Francisco dos Santos.
Em 2018 é criado o Centro de Formação D. António Marcelino (CEFAM) para a formação dos diocesanos, sedidado no Seminário de Santa Joana.
Na história deste Seminário, com quase 75 anos de história, 6 Bispos, 9 reitores e grande quantidade de seminaristas, colaboradores, benfeitores e visitas, podemos escrever também a história das maravilhas de Deus na Diocese de Aveiro.
«A realidade que o Seminário comporta para a vida da Igreja Diocesana está carregada de graça, de exigência, de compromisso e de esperança» (D. António Marcelino, Carta-Pastoral)
O Seminário Diocesano de Aveiro tem três etapas:
- Pré-Seminário:
É uma antecâmara ao Seminário propriamente dito. Nesta caminhada oferecida pela Diocese, o que o jovem procura é discernir, com o auxílio da equipa formadora do Pré-Seminário, se Deus o chama a entrar no Seminário. Organiza-se em vários grupos com encontros mensais. - Seminário Menor:
É vivido no Seminário de Santa Joana Princesa. É formado por jovens que estão entre o 10º e o 12º ano. Seguindo o plano formativo, procuram aprofundar a sua relação com Jesus Cristo numa dinâmica de comunidade de Seminário. Aí, procuram com a equipa formadora, discernir a sua vocação e a sua entrada para o Seminário Maior. Neste momento não existe comunidade de Seminário Menor. - Seminário Maior:
É vivido nos Seminários das Dioceses de Lisboa e do Porto. Desde 2010, os seminarista de Aveiro passaram a realizar a sua formação nos seminários de Lisboa. A partir de 2025, os novos seminaristas iniciaram a sua formação no Seminário Maior de Nossa Senhora da Conceição da Diocese do Porto ao passo que, os seminaristas que já se encontravam em formação, permanecem, até à conclusão, no Seminário Maior de Cristo Rei dos Olivais da Diocese de Lisboa.
O Plano formativo do Seminário Maior é constituido por quatro etapas: Propedêutica, Discipular, Configuradora e Pastoral.
A Etapa Propedêutica (Ano 0) é constituida por uma comunidade que procura, com a sua equipa formadora, fazer um discernimento profundo acerca da sua vocação, de forma a responder livre e solidamente à vontade do Senhor.
As Etapas Discipular (Anos 1º e 2º) e Configuradora (Anos 3º a 6º), constituem uma comunidade com uma componente mais pastoral, onde os candidatos ao sacerdócio, seguindo as linhas orientadoras de formação, e com a ajuda da equipa formadora, se vão configurando a Cristo – o Bom Pastor.
Nesta etapa frequentam a Licenciatura e o Mestrado em Teologia na Universidade Católica Portuguesa.
Durante os anos terceiro e quarto, os seminaristas realizam, ao fim de semana, o estágio pastoral em alguma paróquia ou realidade pastoral da Diocese de Lisboa. Nos anos quinto e sexto, realizam este estágio na Diocese de Aveiro.A Etapa Pastoral, que orienta para recepção do Sacramento da Ordem, constitui um estágio de conclusão da formação focado na «contemplação da Pessoa de Jesus Cristo, Filho predilecto do Pai, enviado como Pastor do Povo de Deus» (RF 68). Nesta Etapa, os seminaristas, sendo acompanhados pelo Seminário Diocesano, vivem, a tempo inteiro, numa realidade paroquial e/ou diocesana de Aveiro.